循環器内科
虚血性心疾患、不整脈疾患、心不全、弁膜症、心筋症に加えて、肺高血圧や先天性心疾患など多岐に渡って多くの症例を受け持つことができ、すべての領域において世界に通用する循環器疾患診療を学べる環境にあります。
心臓カテーテル治療においては、多施設で治療困難とされた冠動脈疾患治療の治療に加え、心房房中隔症や動脈管開存症などの先天性心疾患、閉塞性肥大型心筋症、大動脈弁狭窄症に対するインターベンションが積極的に行われており、いずれも症例数及び質ともに国内トップレベルの研修が可能です。
臨床電気生理検査（アブレーション）では、心房細動、発作性上室性頻拍、心室頻拍など幅広く治療を行っているが、特に心房細動治療を得意としており多数の症例を経験できます。
肺高血圧症に関しては、日本でも数少ない拠点病院として症例が豊富であることに加え、慢性肺血栓塞栓性肺高血圧症に対するインターベンション治療の研修をすることも可能です。
呼吸器内科
当院の特徴として、結核モデル床を有することから合併症のある肺結核の症例が経験可能です。また、呼吸器外科、放射線科との連携が円滑で、CTガイド下生検・外科手術・放射線治療などの幅広い診断・治療方法に触れることができることなどが挙げられます。
内科医としての総合的な臨床研修を行うと共に、この期間に卒後3年間の臨床研修後に受験可能となる日本内科学会認定内科医取得に向けて、基本的な呼吸器疾患症例を中心に臨床修錬を行います。
また、学問的に貴重な担当症例に関しては、専修医に積極的に学会発表を行っていただく中で、研究の進め方や発表技法を積極的にサポートします。その他にも、呼吸器内科レジデントとのディスカッションやショートレクチャーを通じた、屋根瓦式の教育体制を敷いていることが特徴であります。
消化器内科
当科には多彩かつ貴重な症例が多く、内科後期研修医にも担当した症例の症例報告を積極的に行うように指導しています。さらに、当科の特徴の一つとして、多彩な検査・治療手技があります。以下はその一部を紹介します。
消化管
最先端の機器を用いた画像強調・拡大内視鏡による特殊診断および食道・胃・十二指腸・大腸のESD、小腸バルーン内視鏡、カプセル内視鏡を日常的に経験できます。さらに、潰瘍性大腸炎やクローン病などの炎症性腸疾患の症例数は国内でも有数で、貴重な症例に接することが出来ます。
胆・膵疾患
内視鏡的胆道ドレナ－ジ、内視鏡的十二指腸乳頭切開術、砕石術、超音波内視鏡下穿刺吸引法による膵・胆道腫瘍の診断など現在技術の進歩がめざましい領域です。
肝疾患
肝不全の治療は肝移植を念頭に置き一般消化器外科の移植班と連携を取りながら行っています。肝細胞癌に対するTACE、RFA、動注リザ－バ－を介した化学療法、また胃静脈瘤に対するBRTO、TIPSなどのInterventionalな治療も積極的に行っており症例数も豊富です。
神経内科
当教室は鈴木則宏教授以下、准教授、専任講師、助教、大学院生をあわせて約30名を擁し、40床程の病床を管理しています。対象疾患は、神経変性疾患（パーキンソン病、認知症、脊髄小脳変性症など）、脳卒中急性期、脱髄性疾患、感染症、頭痛、てんかんなど広範囲に渡っており、他科との関連がある疾患が多いのも特徴です。
病棟では1人の患者様の診療に、教授以下、病棟主治医（チーフ）、上級医（オーベン）、研修医の4名が当たり、教授回診、チャート・カンファレンス、症例カンファレンス、病棟カンファレンス、脳外科・リハビリテーション科・精神・神経科との合同カンファレンスなどにより、多方面から総合的に治療方針が検討され、診療が進められます。中心となる病棟には中堅医師を研修指導医（チューター）として配置し、研修医教育を行わせる一方、チーフ的立場で病棟を管理し、独立した神経内科医として研鑽を積めるようなシステムを導入しています。外来では、特殊外来として、メモリ-クリニック（認知症）外来、神経免疫外来、頭痛外来、パーキンソン病外来、ボトックス外来、多発性硬化症外来を設け、患者様のニーズに応えるよう努力しています。また、神経内科門医からのレクチャーとして、研修医教育クルズスが定期的に開催されます。
血液内科
血液疾患の専門性・特殊性から、当科には数多くの難治性血液疾患患者が集まっています。造血器腫瘍として白血病、悪性リンパ腫、多発性骨髄腫など、また非腫瘍性血液疾患として再生不良性貧血、発作性夜間血色素尿症、特発性血小板減少性紫斑病など多彩な疾患があります。また当科では造血幹細胞移植を積極的に推進しており、日本でも有数の移植施設となっています。9S移植病棟では造血幹細胞移植に実際に携わり、移植の進め方・全身管理を学ぶと同時にチーム医療の基盤を学ぶことができます。
リウマチ・膠原病内科
リウマチ性疾患は症状が全身に及ぶことから、幅広い一般内科の知識に加え、リウマチ・膠原病内科専門の知識や経験が求められます。他科と協調しながら広い視野で診療すること、また特にリウマチ・膠原病内科の専門性の高い検査なども学ぶことができます。リウマチ・膠原病内科の研修として以下のものが挙げられます。
疾患概念・診断
関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、全身性強皮症、多発性筋炎/皮膚筋炎などの膠原病および類縁疾患の診断、活動性・重症度の評価法、治療法。
検査・手技
理学所見による患者評価法、自己抗体の測定および評価法、関節穿刺・注射、関節エコー、骨・関節レントゲン線写真の読影。神経内科、腎臓内科、循環器内科、皮膚科との連携による筋生検、腎生検、右心カテーテル検査、皮膚生検、キャピラロスコピー。
各臓器障害への対応と治療
副腎皮質ステロイド、非ステロイド性抗炎症薬、抗リウマチ薬、免疫抑制薬、生物学的製剤・JAK阻害薬の適応と実際の使用法。
アレルギー性疾患
アレルギー性疾患の診断法・治療法。アレルギー性疾患の免疫療法の基礎と実際。
また、症例報告の指導を積極的に行なっています。さらに、臨床研究や基礎研究にも力を入れており専修医でも意欲のある者の研究活動への参加を大いに歓迎しています。
腎臓・内分泌・代謝内科
腎臓内科
腎臓内科病棟および外来を担当し、腎臓内科の広範な知識と技術を身につけることができます。また、腎臓生検の技術、腎病理のトレーニングを受けるとともに、血液浄化透析センターにおいて血液浄化療法を学べます。腎臓内科医の取得すべき技術として腎代替療法は大きな比重を占めますが、腎代替療法の3つのオプション血液透析、腹膜透析、移植について十分に学べる施設が少ない中、慶應義塾大学においては、血液透析、腹膜透析、移植に加え、合併症に対する先進治療（閉塞性動脈硬化症に対する幹細胞療法など）、末期腎不全患者のすべての治療法を身につけることが可能で、これが本プログラムの特徴です。また血液透析カテーテル挿入、腎生検、腹膜透析カテーテル挿入など上級医の指導の元に学び、2年間の研修期間内にはひとりでも基本的な処置は自信を持ってできるように経験を重ねます。
内分泌内科
内分泌疾患は、疾患の希少性、複雑な診断法、外科的治療を含めた複数の治療選択といった様々な観点から、すべての疾患を特殊疾患として取り扱っています。中でも副腎疾患の症例数は全国でトップクラスであり、当院で研修するアドバンテージの一つです。
代謝内科
糖尿病代謝領域では、1型・2型糖尿病をはじめ、ステロイド糖尿病、ミトコンドリア糖尿病、膵性糖尿病、妊娠糖尿病など多岐にわたる糖尿病患者に対するマネージメントが習得可能です。特殊検査として、24時間持続血糖モニター（CGM）、人工膵臓を用いたインスリン抵抗性、インスリン分泌能の検査などを行っています。また、周術期の血糖コントロールや妊娠時の血糖管理に携わる上、3大合併症や動脈硬化性疾患の評価を行うため、他科とのコミュニケーションを重視しています。食事・運動療法を中心とする肥満症例や減量外科関連症例を担当する場合もあります。
老年内科
老年内科は「総合診療科」に名称変更いたしました（平成26年4月1日）。